Sulla base di alcuni documenti dell’Archivio Storico Gonzaga di Mantova, si ipotizza che la chiesa parrocchiale di Pomponesco sia stata fondata dopo il 1200. Infatti, nell’elenco delle chiese che costituiscono il vicariato di Viadana nel 1147, la parrocchiale di Pomponesco non viene nominata.
Importante per la storia della chiesa è la data del 1339, poiché i territori viadanesi passano in proprietà alla Casa Gonzaga di Mantova, cessando l’episcopato cremonese iniziato nel 1145. In una bolla del Papa Benedetto XII, risalente anch’essa al 1339, viene affermato che la chiesa è sita in un luogo inadatto e poco dignitoso. Inoltre, l’edificio risulta gravemente danneggiato a causa delle frequenti guerre e delle alluvioni.
Data importante per la comunità di Pomponesco è il 1579, quando il territorio passa per eredità di Carlo Gonzaga di San Martino Dell’Argine al figlio conte di Pomponesco e principe del Sacro Romano Impero Giulio Cesare Gonzaga che, oltre a cambiare la toponomastica del paese, interviene anche sulla Chiesa che viene rimaneggiata e ingrandita.
All’ingresso della chiesa è possibile ammirare due acquasantiere in marmo rosso di Verona su una delle quali è inciso “Conditum aere publico Georgio Felino massario 1579”.
Nel 1787 vengono disperse le lapidi mortuarie insieme ai marmi utilizzati per la pavimentazione, di cui si ipotizza un primo rifacimento. Inoltre, viene realizzato il selciato, che già era stato costruito nel 1591 ma senza l’ausilio della sabbia. Durante questi lavori vengono eliminate anche le sepolture presenti vicino alla chiesa.
Tra il 1829 e il 1831 la chiesa subisce ulteriori modifiche: viene allungata e la pianta resa a croce latina; gli altari vengono tutti rifatti ex novo.
E veniamo all’anno 1920 quando l’Ill.mo Camelli di Cremona fa eseguire la nuova facciata martellinata per ricavarne un oratorio e teatrino per i giovani del paese che non avevano altro punto di riferimento per radunarsi e stare insieme.
Nel 1935 viene eseguita la decorazione interna ad olio ed encausto dai pittori Barbiani e Miolato Gaetano.